OMSCS CS6440 (Intro to Health Informatics) Review and Tips
Юджин Ян (Ziyou Yan) делится отзывом о курсе OMSCS CS6440 «Intro to Health Informatics» в Georgia Tech. Курс охватывает три раздела: системы и данные здравоохранения (EHR, PHR), интероперабельность (FHIR, RxNorm, CPT, ICD, LOINC, NDC) и будущие приложения. Оценка нагрузки складывается из индивидуальных заданий (30 баллов), командного проекта (35) и участия (35); средний рейтинг на OMSCentral — низкий, 3/5, при нагрузке около 6,5 часов в неделю. Живые лекции вёл Dr. John Duke с приглашёнными спикерами из Cerner, Emory, Google и стартапов, а групповой проект развёртывался на инфраструктуре с Docker, Rancher, Kubernetes и Jenkins. Автор отмечает сухие видеолекции, зависимость качества проекта от внешнего ментора и слабую поддержку TA. В итоге он не рекомендует курс среднему студенту — лишь тем, кто действительно увлечён healthtech, как сам автор, работающий в healthtech-стартапе.
OMSCS CS6440 (Intro to Health Informatics) Review and Tips
OMSCS CS6440 (Intro to Health Informatics): обзор и советы
You might also be interested in this OMSCS FAQ I wrote after graduation. Or view all OMSCS related writing here: omscs.
Вам также может быть интересен этот OMSCS FAQ, который я написал после выпуска. Или посмотрите все мои тексты по теме OMSCS здесь: omscs.
Why take this class?
Зачем брать этот курс?
In general, I’m keenly interested in HealthTech (and EdTech). One key reason I decided to enroll in OMSCS was due to the electives on health tech. The syllabus for IHI looks like a primer on the key technologies and standards in health technology, such as FHIR, EHRs, PHRs, etc. In addition, the weekly live lectures were a draw as they involved guest lecturers who were actively building health tech applications, both in startups and established enterprises.
В целом меня живо интересует HealthTech (и EdTech). Одной из ключевых причин поступить в OMSCS были именно элективные курсы по медицинским технологиям. Программа IHI выглядит как введение в основные технологии и стандарты health tech, такие как FHIR, EHR, PHR и т. д. Кроме того, привлекали еженедельные живые лекции, ведь на них выступали приглашённые лекторы, которые сами активно создавали health tech-приложения — как в стартапах, так и в крупных компаниях.
However, the ratings on OMSCentral were poor. The average rating was 3 / 5, one of the poorest among all the classes I’ve taken. Average difficulty was 2 / 5, with the average workload of about 6.5 hrs a week. With regard to the average workload, the bulk of it depends on your group project, which has team size of 4 - 6 people. With a good team, the workload should be light with everyone pulling their own weight—else, be prepared to spend significant time on it.
Однако оценки на OMSCentral были плохими. Средний рейтинг составлял 3 / 5 — один из самых низких среди всех курсов, что я брал. Средняя сложность — 2 / 5, при средней нагрузке около 6,5 часов в неделю. Что касается средней нагрузки, её основная часть зависит от вашего группового проекта, где размер команды — 4–6 человек. С хорошей командой нагрузка должна быть лёгкой, если каждый тянет свою часть, — в противном случае готовьтесь потратить на проект немало времени.
What’s the course like? Overall, the course covers three main sections:
Каков курс в целом? Он охватывает три основных раздела:
Система здравоохранения и данные (например, электронные медицинские карты, личные медицинские записи и т. д.) Интероперабельность в здравоохранении (например, Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR), RxNorm, CPT, ICD, LOINC, NDC, HealthVault и т. д.) Будущие приложения в здравоохранении (например, общественное / популяционное здравоохранение, данные и аналитика и т. д.)
There were a lot of lecture videos to watch. However, I found the videos to be a less effective mode of information transmission. I have pretty low expectations for videos, but these were very dry and consisted mainly of the lecturer at his desk, (most likely) reading from a teleprompter. The transcripts were made available and I mostly referred to these when revising for the exams. Reading provides higher bandwidth and lower entropy that video watching.
Видеолекций для просмотра было очень много. Однако я нашёл видео менее эффективным способом передачи информации. У меня и так довольно скромные ожидания от видео, но эти были очень сухими и состояли в основном из лектора за столом, который (скорее всего) читал с телесуфлёра. Транскрипты были доступны, и при подготовке к экзаменам я опирался главным образом на них. Чтение даёт большую пропускную способность и меньшую энтропию, чем просмотр видео.
Nonetheless, this was compensated by Dr. John Duke, MD having live lectures twice a week and inviting guest speakers to share about their work in the healthcare industry. This included speakers from Cerner, Emory, Goggle, as well as other startups that are helping to improve healthcare. Having a guest lecture every week is no mean feat and the team really put in a lot of effort into preparing this.
Тем не менее это компенсировалось тем, что Dr. John Duke, MD проводил живые лекции дважды в неделю и приглашал гостевых спикеров, рассказывавших о своей работе в индустрии здравоохранения. Среди них были спикеры из Cerner, Emory, Google, а также из других стартапов, которые помогают улучшать здравоохранение. Проводить гостевую лекцию каждую неделю — задача нетривиальная, и команда действительно вложила немало усилий в её подготовку.
Live lectures with great practitioners twice a week.
Живые лекции с отличными практиками дважды в неделю.
For the overall workload, there were three sections, namely: (i) individual assignments (30 points), (ii) team project (35 points), and (iii) participation (35 points).
Что касается общей нагрузки, было три блока, а именно: (i) индивидуальные задания (30 баллов), (ii) командный проект (35 баллов) и (iii) участие (35 баллов).
The individual assignments involved hands-on activities to give you a feel of using FHIR (java required here!) and the other healthcare standards and data repositories taught in the lectures. These may involve code, especially Java, or trying some online tool and copy-pasting the JSON result. These were auto graded with immediate feedback on a platform called INGInious.
Индивидуальные задания включали практические активности, чтобы дать вам почувствовать работу с FHIR (здесь требуется Java!) и другими стандартами здравоохранения и репозиториями данных, рассмотренными на лекциях. Они могли включать код, особенно на Java, или работу с каким-нибудь онлайн-инструментом с копированием полученного JSON. Эти задания проверялись автоматически с мгновенной обратной связью на платформе под названием INGInious.
For the team project, it involved first forming a group of 4 - 6 people on Piazza or Canvas. This can get pretty hectic, especially if you’re left towards the end without a group. Highly encouraged to form your groups early—usually, the people who post on the group forming boards early tend to be more “on-the-ball” and likely to be good teammates ;).
Командный проект сначала предполагал формирование группы из 4–6 человек на Piazza или Canvas. Это может оказаться довольно хаотичным, особенно если вы остались под конец без группы. Настоятельно рекомендую формировать группы заранее — обычно те, кто рано пишет на досках по формированию команд, более расторопны и с большей вероятностью окажутся хорошими напарниками ;).
After forming your groups, you then indicate your preference for a healthtech problem, working with external mentors on developing a solution. For our class, a list of applications was made available and teams had to pick which ones they wanted to work on. Projects seems largely assigned on a first-come-first-served basis.
После формирования групп вы указываете свои предпочтения по healthtech-задаче, работая над решением совместно с внешними менторами. Для нашего курса был предоставлен список приложений, и команды должны были выбрать, над какими хотят работать. Проекты, похоже, в основном распределялись по принципу «кто первый, тот и взял».
Throughout the project, there were multiple deliverables, from the weekly progress reports, to the four video presentations on the application (each team member must present at least once). The final deliverable also had to be deployed on the class infrastructure and involved using Docker, Rancher, Kubernetes, and Jenkins.
На протяжении проекта было несколько результатов сдачи — от еженедельных отчётов о прогрессе до четырёх видеопрезентаций по приложению (каждый участник команды должен выступить хотя бы раз). Финальный результат также нужно было развернуть на инфраструктуре курса, что предполагало использование Docker, Rancher, Kubernetes и Jenkins.
The project could largely be hit-or-miss, depending on your external mentor. Throughout the project, we learnt that our external mentor, a research lab in Georgia State University, had been working on this project for FIVE years. Mind boggling. I can’t even imagine taking more than six months to have a functioning MVP. Also, our TA seemed new and was unable to help with the technical queries and difficulties we had with the infrastructure. Often, the resources (e.g., URL links) provided were wrong, load balancers were set up incorrectly, and settings and pipelines erroneously triggered. Thankfully, I was able to reach out to the TA in charge of infrastructure and he got things resolved quickly.
Проект мог оказаться как удачным, так и провальным — в зависимости от вашего внешнего ментора. В ходе проекта мы узнали, что наш внешний ментор, исследовательская лаборатория из Georgia State University, работал над этим проектом уже ПЯТЬ лет. Уму непостижимо. Я и представить не могу, чтобы тратить больше полугода на создание работающего MVP. Кроме того, наш TA, похоже, был новичком и не мог помочь с техническими вопросами и трудностями, что у нас возникали с инфраструктурой. Часто предоставленные ресурсы (например, ссылки URL) оказывались неверными, балансировщики нагрузки были настроены неправильно, а настройки и пайплайны срабатывали ошибочно. К счастью, я смог обратиться к TA, отвечавшему за инфраструктуру, и он быстро всё уладил.
With regard to participation, it’s a somewhat misleading term. The bulk of it involved six case studies that were covered in the live lectures. Usually, some context is provided, often in the form of a medical case, with one or two questions for students to research and write about. Sample questions include: “How could healthtech have helped prevented this incorrect prescription?”, “How could healthtech help diabetics better control their condition?”. Some of the questions were fairly nebulous and I often had no idea if I was on the right track or not.
Что касается участия, это несколько вводящий в заблуждение термин. Основную его часть составляли шесть кейс-стади, которые разбирались на живых лекциях. Обычно даётся некоторый контекст, часто в виде медицинского случая, с одним-двумя вопросами, которые студентам нужно исследовать и описать. Примеры вопросов: «Как healthtech мог бы помочь предотвратить это ошибочное назначение лекарства?», «Как healthtech мог бы помочь диабетикам лучше контролировать своё состояние?». Некоторые из вопросов были довольно размытыми, и я часто не понимал, на верном ли я пути.
In addition, there were four “Check your understanding”s which were largely aimed at making sure students understood what was required of them in the course and project deliverables.
Кроме того, было четыре задания «Check your understanding», в основном нацеленных на то, чтобы убедиться, что студенты понимают, что от них требуется в рамках курса и сдач проекта.
In addition, there were two exams (six points each), which were the mid terms and finals. These were open book and fairly easy. You should be able to breeze through it with the transcripts.
Помимо этого, было два экзамена (по шесть баллов каждый) — промежуточный и финальный. Они были с открытыми материалами и довольно лёгкими. Их вполне можно пройти без труда, имея транскрипты.
More about the class syllabus here: https://cs6440.gatech.edu
Подробнее о программе курса здесь: https://cs6440.gatech.edu
What did I learn?
Чему я научился?
Overall, the course covered a lot of general knowledge around the different types of healthcare data and standards available. Particularly interesting was the lesson on Microsoft HealthVault (Update: NOW DEPRECATED), I saw it as a way to put patients’ medical records in their own hands, so they could have complete overview of it. Unfortunately, Microsoft has also announced that HealthVault will not be supported after 20 Nov, 2019. Notwithstanding, learning about the great variety of data standards in healthcare helped to provide greater context of the industry I’m in, and provide applicable knowledge on what resources and tools are available.
В целом курс охватывал много общих знаний о различных типах медицинских данных и доступных стандартах. Особенно интересным был урок про Microsoft HealthVault (Обновление: ТЕПЕРЬ УПРАЗДНЁН) — я увидел в нём способ передать медицинские записи в руки самих пациентов, чтобы они могли иметь полный обзор своей информации. К сожалению, Microsoft также объявила, что HealthVault не будет поддерживаться после 20 ноября 2019 года. Тем не менее изучение огромного разнообразия стандартов данных в здравоохранении помогло лучше понять контекст индустрии, в которой я работаю, и дало применимые знания о том, какие ресурсы и инструменты доступны.
For the group project, I learnt to work in a distributed team, with people from all around the world in different timezones. We had people from Mauritius, India, Vienna, the US, and Singapore. In addition, the tech stack chosen was something I was less familiar with (Javascript). Thankfully, I was able to pick up the basics of JS fairly quickly and contributed to part of the front-end development. In addition, I had a chance to apply my skills by setting up the deployment pipeline using Docker, Rancher, and Jenkins.
В рамках группового проекта я научился работать в распределённой команде с людьми со всего мира в разных часовых поясах. У нас были люди с Маврикия, из Индии, Вены, США и Сингапура. Кроме того, выбранный технологический стек был тем, с чем я был менее знаком (JavaScript). К счастью, я довольно быстро освоил основы JS и внёс вклад в часть фронтенд-разработки. Помимо этого, у меня была возможность применить свои навыки, настроив пайплайн развёртывания с помощью Docker, Rancher и Jenkins.
Unfortunately, not a course I would recommend
К сожалению, этот курс я не стал бы рекомендовать
Of all the classes I’ve taken so far, this is by far the worst, and is also the only class I would not recommend to the average student. Unless you’re really interested in healthtech (like I am), it would be difficult for you to sit through the lectures and work through the (tedious) assignments. The learning you derive from it is also very specific to healthcare and likely not applicable if you’re not in the healthcare industry.
Из всех курсов, что я брал к этому моменту, этот — безусловно худший, и это единственный курс, который я не рекомендовал бы среднему студенту. Если вы не по-настоящему увлечены healthtech (как я), вам будет тяжело высиживать лекции и продираться через (нудные) задания. Знания, которые вы из него извлечёте, к тому же очень специфичны для здравоохранения и вряд ли применимы, если вы не в этой отрасли.
Nonetheless, it is a fairly low workload course, which makes it ideal for pairing with another moderate workload course (e.g., ML4T), which is exactly what I did.
Тем не менее это курс с довольно низкой нагрузкой, что делает его идеальным для совмещения с другим курсом умеренной нагрузки (например, ML4T) — именно так я и поступил.
What’s next?
Что дальше?
I’m excited to start using some of the resources shared and apply them to my current work in a healthtech start-up. Data interoperability is a tricky issue that makes it difficult to scale how we work with different data sources from various insurance and healthcare providers. Perhaps we can apply some of the pre-existing and widely adopted standards. If not, there are also valuable lessons in how the standards were created that we can apply when creating our own data schema.
Мне не терпится начать использовать часть представленных ресурсов и применить их к моей текущей работе в healthtech-стартапе. Интероперабельность данных — каверзная проблема, которая затрудняет масштабирование работы с разными источниками данных от различных страховых и медицинских провайдеров. Возможно, мы сможем применить какие-то уже существующие и широко принятые стандарты. Если нет, то есть и ценные уроки в том, как эти стандарты создавались, которые мы можем применить при создании собственной схемы данных.
If you found this useful, please cite this write-up as:
Если этот материал оказался вам полезен, пожалуйста, цитируйте его так:
Yan, Ziyou. (Aug 2019). OMSCS CS6440 (Intro to Health Informatics) Review and Tips. eugeneyan.com. https://eugeneyan.com/writing/omscs-cs6440-intro-to-health-informatics/.
Yan, Ziyou. (Aug 2019). OMSCS CS6440 (Intro to Health Informatics) Review and Tips. eugeneyan.com. https://eugeneyan.com/writing/omscs-cs6440-intro-to-health-informatics/.
or
или
@article{yan2019health,
title = {OMSCS CS6440 (Intro to Health Informatics) Review and Tips},
author = {Yan, Ziyou},
journal = {eugeneyan.com},
year = {2019},
month = {Aug},
url = {https://eugeneyan.com/writing/omscs-cs6440-intro-to-health-informatics/}
}
@article{yan2019health, title = {OMSCS CS6440 (Intro to Health Informatics) Review and Tips}, author = {Yan, Ziyou}, journal = {eugeneyan.com}, year = {2019}, month = {Aug}, url = {https://eugeneyan.com/writing/omscs-cs6440-intro-to-health-informatics/} }
Join 11,800+ readers getting updates on machine learning, RecSys, LLMs, and engineering.
Присоединяйтесь к 11 800+ читателям, получающим обновления о machine learning, RecSys, LLM и инженерии.